Omdat het leidingwater niet overal van optimale kwaliteit is en om algengroei tegen te gaan, te stoppen en het water fris te houden is een minimum aan waterbed onderhoud vereist.  U voegt elk half jaar een flesje conditioner toe. (Een kleine fles is goed voor halfjaarlijkse toevoeging, het grotere formaat kan 1x per jaar worden toegepast). De matras helemaal leeg laten lopen en opnieuw vullen is niet nodig. Verder dient het waterbed af en toe ontlucht te worden (u hoort zelf wel wanneer). Aangeraden wordt om de matras minstens vier keer per jaar goed schoon te maken en met een speciale cleaner te behandelen. Zorg voor een goede vochtregulerende onderdeken (tijk) om het transpiratievocht op te vangen. De watermatras van vinyl kan dit vocht namelijk niet opnemen en is daarom erg hygiënisch.  Wel noodzakelijk is het, net zoals bij traditionele matrassen, om uw matras dagelijks goed te luchten.  

Het is aangeraden de gebruiksrichtlijnen voor het waterbed onderhoud te volgen.  Als u dat doet, hoeft u het water in principe nooit te vervangen. Het is belangrijk om steeds hetzelfde merk conditioner te gebruiken omdat sommige producten niet verenigbaar zijn. Het gebruik van verschillende soorten of het te laat bijvoegen van de conditioner kan geurvoming doen ontstaan. Het water vervangen is dan soms aangewezen.

De buitenkant van de watercontainer wordt onderhouden door af en toe vinylreiniger op de matras te verstuiven en met een droge doek af te wrijven.(In de vaktaal wordt vinylreiniger ook wel vinylcleaner genoemd.)  Door dit te doen bevorderd u de levensduur van de watermatras, omdat u op die manier de resten van transpiratievocht verwijdert. Bij een watermatras die lange tijd niet gereinigd is,  ziet men zoutkorrels die achterblijven na het verdampen van het transpiratievocht. Bij een traditionele matras zijn deze korrels ook aanwezig, maar men ziet ze minder gemakkelijk. 

LET OP!  Het is niet aan te raden de watermatras te reinigen met gewone zepen of huishoudelijke reinigingsmiddelen.

De tijk/cover die bij uw matras hoort kunt u in principe gewoon reinigen in de wasmachine.   Let hierbij op de wasvoorschriften. 
Alhoewel sommige types tijk/cover hiervoor geschikt zijn, is koken (95°) met de moderne wasmiddelen zeker niet meer nodig. Wassen op een lagere temperatuur is even goed en spaart bovendien het milieu.   Het wassen van de grotere maten tijk/cover kan in een gewone wasmachine (5 kg) een probleem zijn. Daarom kiezen de meeste waterbedslapers in dat geval een tijk/cover in 2 delen met een middenrits. Indien u dit niet wenst kan u meestal wel in een wassalon terecht.